成立初期，公積金中心在參考國內其他兄弟城市住房公積金業務管理模式的基礎上，強化公積金中心在住房公積金業務辦理中的主導作用，充分利用歸集銀行等金融網點資源，確立了“中心主導、銀行代辦”的業務辦理模式，即：中心自主研發系統，委托銀行在中心系統上辦理業務。銀行不掌握明細賬，一般業務均由銀行委托代辦，涉及風險較大或相對復雜的業務由中心管理部辦理。

這種模式，既可以有效規避“大委托”模式下數據不能及時傳遞、賬戶管理和資金調度受制于銀行、資金在途時間長、利息損失大的缺點，又可以充分利用中心自主的信息系統，減小“小委托”模式下機構龐大、編制人數多的弊端，利用銀行的業務網點擴大住房公積金繳存覆蓋面，達到效益最大化。正是通過這種創新的業務管理模式，深圳公積金中心迅速將住房公積金服務網點由公積金中心3個管理部延伸至遍布全市的幾百個銀行網點，推動繳存、提取、貸款三大業務實現跨越式發展，業務指標短時間內躍居全國前列。

截至目前，深圳公積金中心合作的委托銀行包括7家歸集銀行和10家貸款銀行。7家歸集銀行共有360多家網點、700余名柜員在辦理住房公積金繳存、提取業務；10家貸款銀行共約480多家網點，從事貸款業務各崗位的操作柜員3400多名。